از جمله اهداف اصلی آکواپونیک این است که مواد اضافی یک سیستم به عنوان غذا یا سوخت برای سیستم دیگر عمل کند .تصفیه زیستی آب عناصر را از آن حذف می کند این موضوع هم از لحاظ زیست محیطی و هم از لحاظ صرفه جوئی اقتصادی مهم است .

همچنین فروش محصولات گلخانه ای درآمدزا هم جزء اهداف اصلی استفاده از این نوع کشت است و به اقتصاد محلی کمک زیادی می کند .

 در آکواپونیک عناصر غذائی موجود در آب ماهی به عنوان کود درهایدروپونیک ودربستر گیاهان مصرف می شود . این عمل برای ماهی نیز سود دارد چون در اثر تجزیه بقایای گیاهان و میکرو ارگانیسمهائی که در بستر استخر تجمع یافته ممکن است مواد سمی تولید شود درحالی که اگر این پساب برای گیاهان مصرف شود می تواند به عنوان کود مورد استفاده گیاه قرار گیرد بعبارت دیگر بستر کشت مثل یک بیو فیلتر عمل می کند دراین میان باکتریهای موجود در بستر کشت نقش مهمی را در چرخه عناصر دارند که بدون وجود آن سیستم خوب عمل نمی کند .

گلخانه داران بایستی توجه داشته باشند که آب یا پساب حاصل از ماهی ها به عنوان یک منبع کودی آلی است . محصولات حاصل از چنین سیستمی به عنوان محصول سالم شناخته می شود و در فروش آنها نقش مهمی دارد . درضمن از یک واحد تولید دو نوع محصول تولید می شود و در مناطق خشک و نیمه خشک که کمبود آب وجود دارد آکوا پونیک نقش مهمی ایفا می کند از همه مهمتر آنکه آکواپونیک مدلی برای کشاورزی پایدار است .

اگرچه تکنولوژی آکواپونیک یک مقدار پیچیده به نظر میرسد ولی در مناطق خشک و نیمه خشک مثل ایران استفاده بهینه از آب کشاورزی و سایر مصارف صنعتی و آشامیدنی از مهمترین موارد برای صرفه جوئی در آب است. بطورکلی کشت گیاهان در تلفیق با پرورش ماهی یکی از این روشهاست که محاسن متعددی همچون بهبود طعم و کیفیت محصولات کشاورزی حاصل از این سیستم ، بهبود کیفیت آب استخرهای پرورش ماهی ، کاهش آلودگی محیط زیست ، کاهش هزینه تامین آب و صرفه جوئی در مصرف کودهای شیمیائی اشاره کرد .

از لحاظ تعادل شیمیائی خاک نیز مصرف بی رویه و نامتعادل کودهای فسفاته در بعضی از مزارع زیان آور بوده است درحالیکه با افزایش ازت و تسریع رشد گیاهان نیاز به سایر عناصر غذائی گیاه در خاک مانند پتاسیم ، آهن و روی افزایش می یابد .

از طرفی نظر به اینکه اغلب خاکهای ایران آهکی بوده و تحت این شرایط اغلب ترکیبات معدنی عناصر غذائی گیاه در خاک نظیر روی و آهن به علت حلالیت کم به خوبی جذب گیاه نمی شوند لذا با کاهش مواد آلی بتدریج فقر و کمبود آنها در خاک در رابطه با تامین این عناصر تشدید می شود .

بعبارت دیگر اگر گیاه در شرایطی کشت شود که از 17 عنصر مورد نیاز همه بجز یکی به مقدار مناسب در دسترس باشد رشد گیاه در اثر فقدان این یک عنصر غذائی متوقف می شود . این در حالیست که افزایش سایر عناصر اثر عمده ای در رشد گیاه ندارد .